Однако следует отметить, что стерилизация семян окисью этилена не лишена недостатков. В процессе обработки могут быть уничтожены не только вредители, но и полезные микроорганизмы, такие как ризобактерии или микоризы. Также возможна потеря части генетического материала растений. Но при правильной стерилизации семян окисью этилена методика дает только положительный эффект. Важно подходить к этому методу ответственно, выбирая оптимальные концентрации газа и определенную длительность обработки для каждого вида растений.